Guerre de Bosnie-Herzégovine
Néanmoins, la Communauté européenne et les États-Unis reconnaissent l'indépendance de la Bosnie-Herzégovine, le 6 avril 1992. Son adhésion dans l'Organisation des Nations unies a lieu le 22 mai 1992, en même temps que celles de la Croatie et de la Slovénie.
Refusant aussi cette reconnaissance par la communauté internationale, les forces de l'armée yougoslave dressent des barricades et postent des snipers tout autour de Sarajevo, pour « protéger » les quartiers serbes, et isoler les quartiers bosniaques, à majorité musulmane, et les croates, à majorité catholique. Le 6 avril 1992, le président yougoslave Slobodan Miloševi? coordonne les premières opérations militaires en Bosnie. Le scénario est le même qu'en Croatie.
Bijeljina est la première ville bosniaque à être investie par l'armée yougoslave et par les milices serbes sous les ordres d'Arkan. « Nous avions l'ordre de tuer le plus de musulmans possible », confesse Goran Jeliši?, un jeune mécanicien serbe recruté à Bijeljina par Arkan pour participer au nettoyage ethnique de Br?ko dans le Nord de la Bosnie. Zvornik est la deuxième ville investie par les Serbes. José Maria Mendiluce, du Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés, responsable pour l'ex-Yougoslavie, parvient à franchir le pont sur la Drina et à longer Zvornik avant d'être arrêté par un groupe de miliciens. Lorsqu'il eut quitté ses fonctions, il décrivit la scène suivante : Dans un virage, avant d'être interceptée, ma voiture a patiné sur du sang, j'ai croisé des camions remplis de cadavres. Dès lors, la guerre se généralise, les milices de chaque communauté s'en prenant aux civils désarmés des deux autres. Aucune convention de guerre n'est appliquée et la barbarie se déchaîne (viols, tortures, assassinats, formation de camps de concentration). Le général Mladi?, serbe de Bosnie à la tête du corps d'armée de Knin, réussit à s'emparer de l'ouest de la Bosnie-Herzégovine (à l'exception de Biha?), d'où il chasse toutes les populations non serbes. À la mi-mai 1992, les forces serbes entreprennent de « nettoyer » les zones occupées. Parallèlement, le chef du parti démocratique serbe, Radislav Vuki?, interdit les mariages mixtes.
Les populations bosniennes sont dès lors soumises à un régime d'apartheid, institutionnalisé sous le nom de statut spécifique : les Bosniaques et les Croates des territoires sous contrôle serbe, ainsi que les Serbes des territoires sous contrôle croate ou bosniaque, sont privés de travail et de soins médicaux, assignées à résidence après avoir été expulsés et relogés dans des quartiers devenus ghettos. Des membres de chaque communauté sont également détenus dans les territoires pourtant contrôlés par « leurs » leaders, pour s'être opposés à la guerre et avoir défendu l'idée d'une Bosnie multi-ethnique. Ils y subissent les mêmes sévices que les ennemis. La violence se déchaîne aussi entre Croates et musulmans (combats de Mostar et dynamitage de son pont, sac de Stolac et dynamitage de sa mosquée….
En 1993, le Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie est créé par les résolutions, no 808 et 827, du Conseil de sécurité des Nations unies. Ainsi déclarait M. Boutros Boutros-Ghali : il était inadmissible, en effet, que restent depuis si longtemps impunis les actes dont nous sommes, hélas, si souvent les témoins et qui révoltent les consciences humaines.
Lorsque les pressions de la communauté internationale sur le régime Miloševi? forcent l'Armée fédérale yougoslave (JNA) d'évacuer la Bosnie-Herzégovine, les militaires serbes de la JNA changent d'insigne sur leurs uniformes et sur leurs appareils militaires, créant ainsi l'armée de la République serbe de Bosnie. Sous ce nouvel uniforme, ils continuent de bénéficier d'un large support humain, logistique, et financier de la part de la République fédérale de Yougoslavie. L'offensive de la République serbe de Bosnie de 1992 réussit à placer la majorité du pays sous son contrôle (70 % du pays en 1993). En mars 1994, un accord à Washington proposait une Fédération croato-musulmane, avec le principe d'un État fédéral entre celle-ci et la république serbe de Bosnie.
Mais les efforts de la communauté internationale pour tenter de faire cesser le conflit et éviter les pertes humaines parmi la population eurent peu d'effets concrets malgré l'envoi de plus de 38 000 militaires sous le drapeau de l'ONU. Les massacres continuèrent, dont le plus connu fut certainement celui de Srebrenica, en juillet 1995.
Les populations croato-bosniaques ont alors obtenu une aide logistique accrue de la part de la communauté internationale, qui isola la République fédérale de Yougoslavie officiellement définie comme agresseur (même si les Serbes continuaient de dire qu'il s'agissait d'une guerre légitime pour permettre le maintien dans la Yougoslavie des populations désirant y rester).
L'offensive conjointe en Croatie, en 1995, des forces croates de Croatie et de Bosnie, et des forces bosniaques de Bosnie, permit la conquête de tous les territoires serbes de Croatie. La population serbe de ces territoires (dont la présence remontait aux frontières militaires de l'Empire d'Autriche) fut expulsée vers la République serbe de Bosnie, qui fut également attaquée et perdit un tiers de son territoire. La Forpronu perdit 167 hommes et compta plus de 700 blessés.
Le 21 novembre 1995, alors que certains militaires croates et bosniaques souhaitaient effacer la république serbe de Bosnie et en expulser les habitants vers la Yougoslavie, les belligérants furent invités à signer à Dayton (États-Unis) un traité de paix afin d'arrêter les combats. Les accords de Dayton, signés en décembre 1995, partagèrent la Bosnie-Herzégovine en deux entités : La Fédération de Bosnie-et-Herzégovine (51 % du territoire et 70 % de la population) et la République serbe de Bosnie (49 % du territoire et 25 % de la population, plus les réfugiés serbes de Croatie, désormais apatrides). En 1995-1996, une force internationale de maintien de la paix (IFOR) dirigée par l'OTAN, comprenant 60 000 soldats, intervint en Bosnie afin de mettre en place et de surveiller les aspects militaires de l'accord. À l'IFOR succéda une force de stabilisation (Sfor) plus réduite (14 000 soldats en 2003) dont la mission était d'empêcher la reprise des hostilités. À cette Sfor, a succédé en décembre 2004 l'Eufor, une force militaire de l'Union européenne de 7 000 hommes environ.
La force de police internationale de l'ONU en Bosnie-Herzégovine a été remplacée fin 2002 par la Mission de police de l'Union européenne (MPUE), premier exemple pour l'Union européenne d'une telle force de police, ayant des missions de surveillance et d'entraînement.
En 2005, on découvre encore en Bosnie-Herzégovine des charniers datant de la guerre. La plupart du temps, les militaires de chaque belligérant s'en prenaient aux populations civiles de ses adversaires, et évitaient de s'affronter entre eux. Peu d'entre eux furent inquiétés, moins encore, poursuivis. La Croatie s'est officiellement excusée pour ses agressions et ses crimes de guerre commis sur le peuple bosniaque (mais pas sur les Serbes). La Serbie, qui n'a encore présenté aucun regret, est poursuivie par la Bosnie-Herzégovine pour agression et génocide sur la population bosniaque devant la Cour internationale de justice. Les Bosniaques, comme les Croates, ne reconnaissent officiellement aucun crime sur les Serbes. Les principaux dirigeants de l'armée serbe de Bosnie, rendus responsables des évènements de Srebrenica, le général Ratko Mladi? et Radovan Karadži?, ancien président de la République serbe de Bosnie. Après des années de fuite, Karadži? est arrêté en juillet 2008.
La guerre a causé la mort de « 100 000 civils et militaires bosniaques, serbes et croates » ; 1,8 million de personnes furent déplacées, toutes nationalités confondues.
L'analyse ethnique de la population sur le territoire de la Republika Srpska, d'après le recensement de la population de l'année 1991 en comparaison avec après guerre en l'an 1997 (source : IMG, sur la base du recensement de la population de l'année 1991 et des estimations de l'UNHCR pour l'année 1997) :
1.1991 : Serbes 54,30 % ; Bosniaques 28,77 % ; Croates 9,39 % ; autres 7,53 %
2.1997 : Serbes 96,79 % ; Bosniaques 2,19 % ; Croates 1,02 % ; autres 0,0 %
Divisions internes et indépendance de la République serbe de Bosnie
Depuis 1991, il y a entre quatre et cinq fois moins de Serbes qui vivent à Sarajevo et dans le reste de la fédération de Bosnie-Herzégovine, ils sont tous en république serbe de Bosnie. Il en est de même pour les Croates et les Bosniaques qui vivent tous en majorité en Bosnie centrale et à Sarajevo pour les Bosniaques, et dans le sud du pays surtout dans l'ouest de l'Herzégovine pour les Croates. Concrètement, la Bosnie-Herzégovine est divisée d'un point de vue ethnico-religieux.
Le mouvement indépendantiste serbe se trouve renforcé dans sa volonté d'organiser un référendum au sujet de l'indépendance depuis l'annonce du soutien de l'indépendance du Kosovo par l'Union européenne et les États-Unis.
Fin 2007, l'institut de sondage Partner qui est basé à Banja Luka a révélé que 77 % des Serbes de Bosnie étaient favorables à une sécession de la République serbe de Bosnie dans l'hypothèse où les Albanais du Kosovo se déclareraient indépendants de la Serbie.
L'ancien ambassadeur des États-Unis à Belgrade, William Montgomery, soutient une division de la Bosnie, ainsi que du Kosovo.
Indépendantisme de la communauté croate au sein de la Fédération
Le parti nationaliste croate de Bosnie appelle régulièrement à la création d'une entité autonome croate, séparée de la communauté bosniaque. Les Croates (chrétiens catholiques) justifient cette demande par la crainte d’être mis en minorité par les Bosniaques (musulmans) qui détiennent la majorité de quatre cinquièmes au sein des institutions fédérales.
Subdivisions territoriales
La Bosnie-Herzégovine présente deux organisations parallèles de subdivisions territoriales du fait de l'existence de deux entités constitutives de la fédération bosnienne :
- La Fédération de Bosnie-et-Herzégovine,
- La République serbe de Bosnie,
auxquelles on ajoutera une troisième entité, le District de Br?ko situé entre les deux premières, au nord du pays, possédant un statut neutre et autonome, géré en partie par un superviseur international mandaté par l'ONU.