Histoire et protection
La région est habitée depuis des milliers d'années, d'abord par les Thraces, les Illyriens, puis par des tribus celtes (400 av. J.-C.), les Iapodes, les Romains (durant 600 ans), les Goths (400 ap. J.-C.), Byzantins (600 ap. J.-C.), les Avars et les Croates depuis 600 ap. J.-C. Les Turcs sont présents dès 1500 ap. J.-C.15. Le lieu appartient au Royaume de Croatie jusqu'au rattachement de celui-ci avec le royaume de Hongrie en 1102. En 1528 il tombe sous la domination de l'Empire ottoman, et 150 ans plus tard, sous celle autrichienne de la monarchie des Habsbourg. Le site est alors surnommé « Le Jardin du Diable » (Hortus diabolus) et fait alors partie de la Croatie militaire et recueille les réfugiés religieux comme les orthodoxes d'Europe centrale fuyant la répression ottomane. Au XIXe siècle les conflits turco-autrichiens s'apaisent et la zone échoit alors à la Banovina de Croatie, puis à la république fédérative socialiste de Yougoslavie et enfin à la République de Croatie en 1992.
Une première auberge destinée à recevoir les voyageurs, alors souvent itinérants, est construite au début des années 1860, puis agrandie pendant la trentaine d'années qui suit. En 1893, Gustav Jane?ek crée l'Association de la Protection et l'Entretien des Lacs de Plitvice en Croatie, visant le développement touristique avec la construction d'un premier hôtel près du lac Kozjak en 1896, la promotion du site par divers moyens ainsi que son aménagement (chemins, bancs…). Le véritable intérêt touristique pour ces lacs est donc suscité au début des années 1900. Dès 1928, une première protection légale est établie, mais durera à peine un an. En 1948 sous la République fédérative socialiste de Yougoslavie, un règlement sur l'administration des Parcs Nationaux est édicté, et le parc est officiellement établi en avril 1949. Celui-ci sera d'ailleurs amendé, avec notamment en 1997 un élargissement au bassin entier contenant le site. En avril 1979, l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) estime que le parc mérite sa place dans le patrimoine mondial pour sa « beauté naturelle exceptionnelle, et la production naturelle de travertin (tuf) par l'action chimique et biologique ». Le 26 octobre 1979, l'UNESCO de l'Organisation des Nations unies place le parc parmi le patrimoine mondial de l'humanité, ; c'est le seul parc national de Croatie dans ce cas.
Les films des années 1960 adaptant l'œuvre de Karl May des aventures du chef indien Winnetou ont en grande partie été tournés dans le parc. En mars 1991 le site est le théâtre de l'incident des lacs de Plitvice, premier conflit armé de la Guerre d'indépendance de Croatie. Les Serbes, menés par Slobodan Miloševi?, prennent la région et celle-ci ne sera reconquise qu'en août 1995 avec l'opération Tempête menée par l'armée croate et mettant fin à la guerre.